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A Auditoria Geral do Estado (AGE) foi criada pela Lei nº 4.087, de 11 de julho de 1979, definida no § 2º, do Art. 52 da Constituição Estadual, como órgão superior de Controle Interno do Poder Executivo do Estado de Mato Grosso. 

Até dezembro de 2010, o órgão era responsável pelas atividades de Auditoria e Controle, tendo atribuições como: avaliar o cumprimento das metas previstas no plano plurianual, a execução dos programas de governo e dos orçamentos do Estado; comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia e eficiência, da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e entidades da administração estadual, bem como da aplicação de recursos públicos por entidades de direito privado; exercer o controle das operações de crédito, avais e garantias, bem como dos direitos e haveres do Estado; apoiar o controle externo no exercício de sua missão institucional.

Em janeiro de 2011, o órgão passou a atuar como Controladoria, com a transferência das competências das atividades de Ouvidoria e Corregedoria do Poder Executivo Estadual para a então AGE. A atuação como Controladoria foi viabilizada por meio da Lei Complementar n. 413/2010, seguindo diretriz do Conselho Nacional de Controle Interno (Conaci), de que a congregação das macrofunções Auditoria Governamental, Controle, Ouvidoria e Corregedoria potencializa a eficiência dos controles.

Faltavam uma melhor definição das competências e a mudança de denominação para Controladoria. A transformação de AGE em Controladoria Geral do Estado (CGE) foi efetivada em 27 de novembro de 2014, por meio da Lei Complementar n. 550/2014.

Dessa forma, a CGE é órgão autônomo vinculado diretamente à Governadoria, instituição permanente e essencial ao Controle Interno do Poder Executivo Estadual, na forma dos Arts. 70 e 74 da Constituição Federal e 52 da Constituição Estadual, que consiste nas atividades de auditoria pública, de correição, de prevenção e combate à corrupção, de ouvidoria, de incremento da transparência da gestão no âmbito da administração pública e de proteção do patrimônio público. 

Veja no quadro abaixo os secretários que ajudaram a fazer a história da Controladoria: 

Darcy Avelino da Silva Gomes 
06/01/1981 a 15/03/1983 

Juracy Maria de Campos Braga 
15/03/1983 a 13/01/1984 

Antônio Eugênio Belluca 
13/01/1984 a 13/05/1986 

Acy Castrillon Ferreira 
14/05/1986 a 15/03/1987 

João Alberto de Arruda 
15/03/1987 a 13/04/1989 

Sarita Baracat de Arruda 
13/04/1989 a 30/03/1990 

Josefina da Cruz Coelho 
15/06/1990 a 15/03/1991 

Gilson Duarte de Barros 
15/03/1991 a 30/12/1994 

Pedro Rodrigues Lima 
01/01/1995 a 31/05/1996 

José Gonçalves Botelho do Prado 
23/07/1996 a 30/12/2002 

Sirio Pinheiro da Silva 
01/01/2003 a 02/08/2007

José Gonçalves Botelho do Prado 
16/08/2007 a 30/03/2010 

José Alves Pereira Filho 
31/03/2010 a 31/12/2014

Ciro Rodolpho Gonçalves

01/01/2015 - atual